若き代助は義侠心から友人平岡に愛する三千代をゆずり自ら斡旋して2人を結びあわせたが、それは「自然」にもとる行為だった。それから3年、ついに代助は三千代との愛をつらぬこうと決意する。「自然」にはかなうが、しかし人の掟にそむくこの愛に生きることは2人が社会から追い放たれることを意味した。愛を代償に社会から葬られる夫婦はどうなるのか。